Да, депозит вашего сотрудника, скорее всего, удержат, так как он будет использован для покрытия расходов на его выдворение. Что касается вас как работодателя, ситуация зависит от контекста. Если вы выполнили все свои обязанности (оформили его легально, платили налоги, уведомляли МВД о заключении договора), то за личное административное нарушение работника, не связанное с трудовой деятельностью, прямых санкций к вам быть не должно. Однако, новая реестровая модель предполагает солидарную ответственность. Если будет доказано, что вы, например, не проконтролировали наличие у него действующей регистрации, то проблемы могут возникнуть. В новой системе грань между ответственностью работника и работодателя станет тоньше.
Больше информации вы можете получить на нашем информационном портале МиграПро.